在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“阿比斯碟中谍3电影。　　不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，　　栖息着奇妙奇怪的生物们，　　沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。　　“阿比斯”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。　　如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，　　陆续得到了“探窟家”的名号。　　住在建造于阿比斯边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，　　梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开阿比斯的谜团。　　某天，以母亲莱萨的白笛被发现为契机，　　莉可决定潜入阿比斯深处。　　被莉可捡到的丧失记忆的机器人雷格，　　也为了寻找自己的记忆而决定同行。　　莉可在深界四层中了穿弹兽的毒。　　救了莉可的，是“生骸”娜娜奇。　　娜娜奇也成为两人的同伴，三人的冒险向着波多尔多所在的深界五层进发。　　在那里，他们遇到了一位自称为普鲁修卡的女孩子……